自二战以来，柬埔寨可以说是东南亚各国中政权更迭最多次，也更换过最多次国旗的国家。但是不论国旗如何地更换，象征着古代高棉王朝的吴哥窟（Angkor Wat）一直是柬埔寨国旗最主要的标志。
现行的柬埔寨国旗自1948年开始使用，一直到1970年西哈努克（Norodom Sihanouk）被当时的首相朗诺（Lon Nol）推翻后，有长达23年的时间未被采用。一直到1993年6月由于亲王室的政党赢得全国大选，并在年底制订新宪法恢复君主制，才再度使用现行的国旗。
国旗中的两条蓝色是代表王室，同时也代表着自由、合作与同胞情；中间红底代表的是人民，利用类似鲜血的颜色来象征人民的勇敢；中间的白色吴哥窟除了是文化象征之外，白色也代表小乘佛教以及团结、正义与文化传承。此蓝、红、白的三配色与意涵自1860年代起就已经使用，也让之后不论国旗怎么换，都不出这三种基本配色。
由于西哈努克政府允许越共在北边的柬越边境活动，因此时任首相的朗诺推翻了君主政体，建立了亲美国的「高棉共和国」（Khmer Republic）。不过由于高棉共和国与邻近的越南关系恶劣，因此趁着1975年爆发柬越战争之际，波尔布特（Pol Pot）所率领的赤柬（Khmer Rouge）进入柬埔寨，并于1976年1月成立「民主柬埔寨」（Democratic Kampuchea），展开为期三年多的恐怖统治。
民主柬埔寨的国旗。底色改成共产主义的红色底，并将吴哥窟图形简化以黄色放在中央。
1979年，在苏联与越南的扶持下，韩桑林（Heng Samrin）所率领的柬埔寨人民革命党攻入金边，成立「柬埔寨人民共和国」（People’s Republic ofKampuchea）。但由于该政府在国际上被认为是傀儡政权，因此国际上所承认的柬埔寨政府仍是赤柬的民主柬埔寨。随着东欧共产世界的式微，柬埔寨人民共和国为了争取国际承认，1989年更改国名为柬埔寨国（State of Cambodia），同时也修改国旗，意图冲淡其共产主义色彩，但效果不彰。
柬埔寨人民共和国于1979─1989间所使用的国旗，不为国际上所承认。保留了前一代国旗的基本设计，但是将吴哥窟由三塔改为五塔，同时尖塔造型则较为有棱有角。
随着越军撤出柬埔寨以及柬国政府希望寻求国际支持，联合国依据安理会745号决议成立了为期一年的「联合国柬埔寨临时权力机构」（United Nations Transitional Authority in Cambodia），协助柬埔寨重建、审判赤柬要员，以及监督办理1993年的国会大选。同时制订了以联合国浅蓝色为底的联柬时期国旗：图正中央为柬埔寨国土，上面以高棉语写着「柬埔寨」之国名。
1993年5月，支持王室的拉那烈（Norodom Ranariddh）与左派的洪森（Hun Sen）组成联合政府，并于年底制宪恢复君主制，迎回西哈努克国王担任国家元首，并将国旗改回自1970年起停止使用的现行国旗。
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